在探讨公司章程中约定股权不能对外转让，但双方已经进行了股权转让的情况下，该股权转让是否有效的问题时，我们需要综合考虑《公司法》的相关规定、公司章程的法律效力以及股权转让的具体操作。

　　一、公司章程与股权转让的法律规定

　　根据《公司法》的相关规定，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。对于股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意，并书面通知其他股东征求同意。若其他股东在接到书面通知之日起满三十日未答复，则视为同意转让。若半数以上股东不同意转让，则不同意的股东应当购买该转让的股权;若不购买，则视为同意转让。此外，《公司法》还规定，经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。值得注意的是，公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。

　　然而，需要注意的是，公司章程中若做出“禁止或变相禁止股权转让”的条款，如“公司股东的股权禁止转让”或“公司股东的股权转让必须经董事会全体董事一致通过”，此类条款是无效的。这是因为，在不存在股份回购的情形下，股权转让是股东退出公司的唯一途径。禁止或变相禁止股权转让的条款剥夺了股东自由转让股份的权利，违反了股权自由转让的基本原则，有违公序良俗的基本原则。

　　二、公司章程禁止股权转让的效力分析

　　尽管公司章程是公司自治的法规，体现了公司的意思自治，但在不违反公序良俗、公平正义等原则的情况下才有效。对于禁止股权转让的条款，由于其剥夺了股东的财产权利，限制了资本的流通性，与市场经济环境下财产权利的本质相悖，因此通常被视为无效条款。

　　三、已进行股权转让的有效性判断

　　在实际操作中，如果双方已经进行了股权转让，尽管公司章程中有禁止转让的条款，但该转让行为的有效性仍需根据具体情况来判断。若双方具备相应的民事行为能力，意思表示真实，且合同标的确定和可能，同时该转让行为未违反《公司法》中关于股权转让的其他强制性规定，那么该股权转让行为在形式上可能是有效的。

　　然而，需要注意的是，由于公司章程中的禁止转让条款本身可能无效，因此该条款不能作为阻碍股权转让有效性的依据。但如果在股权转让过程中存在欺诈、恶意串通等违法情形，或者转让行为损害了其他股东的优先购买权等合法权益，那么该转让行为可能会被认定为无效或部分无效。

　　四、结论与建议

　　综上所述，公司章程中禁止股权转让的条款在多数情况下被视为无效条款，因为其违反了股权自由转让的基本原则和有违公序良俗。在实际操作中，双方已经进行的股权转让行为的有效性需根据具体情况来判断。为避免潜在的法律纠纷和风险，建议公司在制定章程时充分考虑股东的合法权益和资本的流通性需求，避免设置过于严格的股权转让限制条款。同时，在进行股权转让时，双方应严格遵守《公司法》的相关规定和公司章程的约定，确保转让行为的合法性和有效性。

　　在面对此类法律问题时，建议咨询专业的法律顾问或律师以获取更具体的法律意见和指导。